新纹章之谜正篇部分
过去，发生了一场被称为黑暗战争的大战。由马鲁斯王子和他所率领的英雄们跟德鲁亚帝国之间的壮绝之战，随着地龙王梅迪斯的消灭而结束。在火炎之纹章下集合起来的战士们回到了各自的国家，为重建荒废的祖国而尽力。曾经被称为雅嘉尼亚七王国的国家之中，古拉和古鲁尼亚已经灭亡，阿利迪亚，奥雷安，马克多尼亚，塔利斯则留下了深深的伤迹，就连大国雅嘉尼亚也仍在重建的途中。
在仍未脱离战乱之记忆的王都帕雷斯，发生了一件重大的事。
奥雷安的王弟哈丁与妮娜公主结婚，成为了雅嘉尼亚第24代国王。得到了王位的哈丁，以那种稍显强硬的做法，转瞬之间回复了国力。他集合了大量的士兵，建立了强大的军队，在自立为皇帝的同时宣言要把雅嘉尼亚神圣帝国复兴。与德鲁亚帝国的战斗结束了差不多一年，世界看来正将迈入安稳的时代。但是，命运的齿轮似乎在什么地方出错了……
第一章 远征古鲁尼亚
暗黑战争结束了的一年之后，因战乱而荒废的阿利迪亚王国，经过马鲁斯王子众人的努力，也终于开始安顿下来，同时还公布了马鲁斯王子和希达公主的婚约。阿利迪亚的民众对二人幸福的样子也都感到十分欣喜。但是……就在婚礼临近的某天，突然收到了一封来自帝都帕雷斯的命令书。
「给亲爱的阿利迪亚的马鲁斯王子，在雅嘉尼亚占领下的古鲁尼亚王国发生了大规模的叛乱。因此，请求贵国协助讨伐古鲁尼亚。王子请马上率领阿利迪亚的全军出击，镇压古鲁尼亚的叛乱。雅嘉尼亚皇帝」
雅嘉尼亚王国对于阿利迪亚来说相当于父国，它的命令是要绝对服从的。无奈的马鲁斯，命令骑士凯因留守祖国，自己与杰刚，圣骑士亚兰以及新近任命的年轻骑士们一起，出发前往古鲁尼亚。
战前剧情
马鲁斯：“克里斯，我们马上就将抵达目的地，这也将会是你的初战。从现在开始的战斗会和以往不同。在战场上倒下就意味着死亡，失去的同伴再也不会回来……这就是战场。你要多加注意。”
克里斯：“我明白了，马鲁斯大人。”
马鲁斯：“如果能在你还有其他同伴们都平安无事的情况下结束战斗就好了……”
克里斯：“马鲁斯大人……”
杰刚：“马鲁斯大人，运输部队的准备也已经完成。另外，贩卖武器的商人也希望能和我军同行。如果有他们在，战斗前的准备将会轻松不少。”
马鲁斯：“谢谢你，杰刚。那么准备战斗吧。”
据点对话
关于古鲁尼亚
马鲁斯：“克里斯，你还是首次离开阿利迪亚吧。”
克里斯：“是的，马鲁斯大人在之前的战争中曾经来过古鲁尼亚吗？”
马鲁斯：“嗯，在之前的黑暗战争中，古鲁尼亚当时是我们的敌人。但是，他们的将士还有民众们却是无辜的。不愿意参加战斗，并且杰出的人也有很多，就像是罗伦斯将军……他在之前的战争中也同样成为了我们的同伴。”
罗伦斯：“马鲁斯王子，为了古鲁尼亚的未来，我也希望加入你们。”
马鲁斯：“战争结束之后，遭到严重摧残的古鲁尼亚现在处于雅嘉尼亚王国的支配之下，目前是由获得了雅嘉尼亚方面许可的罗伦斯在治理。他是一位关心民众的优秀领导人，如果是他的话，古鲁尼亚的民众也可以安心地生活吧。”
克里斯：“是这样啊。但是，为什么发起叛乱呢？”
马鲁斯：“这就不清楚了，究竟是出了什么事……”
关于远征军
杰刚：“克里斯，新任骑士们的状态如何？”
克里斯：“是。大家都干劲十足。”
杰刚：“嗯。关于这次远征的战斗力方面……我已经年老力衰，无法在一线战斗了。主要的战斗力将会是你们新任骑士们，另外再加上圣骑士亚兰，德加和哥顿三人。其中最具实力的圣骑士亚兰，我来为你介绍一下。”
亚兰：“你就是近卫骑士克里斯吧，这样的交谈还是第一次，我是亚兰。”
克里斯：“我是克里斯，能够和被大家赞誉的圣骑士亚兰阁下并肩作战，我感到十分荣幸。”
杰刚：“亚兰，从战场的报告来看，敌人主要是以山贼为主，他们不会是身为圣骑士的你的对手。”
亚兰：“你说的没错，但是杰刚阁下，我希望能够多给新任骑士们一些活跃的机会。我的实力已经不太可能会再有进展了，但是还年轻的她们却不一样。克里斯她们经过实战的磨练后，总有一天一定会超越我。”
克里斯：“！ 亚兰阁下……”
亚兰：“克里斯，赶快在战场积蓄力量，尽早超越我吧。支撑阿利迪亚未来的不会是我，而是你们啊。”
克里斯：“是……身为阿利迪亚骑士的重担，我会铭记于心。”
战斗中剧情
OP 叛乱镇压（克里斯出击！）
杰刚：“马鲁斯大人，占领军司令官的朗古将军来了。”
朗古：“哦，是马鲁斯王子啊，现在才到还真是慢啊。不过既然来了，那么收拾叛军首领罗伦斯将军的任务就交给你吧。”
马鲁斯：“哎！？率领叛军的是罗伦斯将军吗？！为什么他会叛变……”
朗古：“这个嘛……我也不知道啊。马鲁斯王子，杀了罗伦斯，将他窝藏的古鲁尼亚王家的孩子们抓起来，我的部队会去把参加叛乱的人们的家族杀光，并且将村子也一起烧毁。”
马鲁斯：“混帐！再怎么样也不用这么……”
朗古：“什，什么叫做混帐！你只要听从我的命令办事就好！还是连阿利迪亚也要反抗我们雅嘉尼亚，发起叛乱吗！”
马鲁斯：“怎么会！那种事情……”
朗古：“马鲁斯王子，头脑发热可不好。只要以我们帝国的实力，随时都可以将你们击溃！”
马鲁斯：“……杰刚，这到底是怎么回事？哈丁竟然会将这国家交给那种人吗……”
杰刚：“王子，我明白您的心情。但是，罗伦斯将军发起叛乱却是事实，首先要处理好他的事。王子您亲自去和罗伦斯将军谈谈如何。我会待在王子的身边作为军师，近卫骑士克里斯！如果马鲁斯大人在战场上遇到了危险的话，就由你来保护，拜托了。”
克里斯：“是。我知道了。”
马鲁斯：“克里斯，有你在就放心了。我们就打倒沿途的山贼们，向罗伦斯将军的所在地出发！”
克里斯：“是！”
EVENT 趁着混乱……
强盗：“什么？有战斗？正好，我就趁这个机会去袭击村庄！”
EVENT 最后的委托
罗伦斯：“已经到此为止了吗……奥古玛阁下，连无关的你也牵连在内，我真是过意不去。”
奥古玛：“我是因为塔利斯王说要帮助将军而来，如果有我做得到的事，请尽管说吧。”
罗伦斯：“是吗……那么我拜托你，希望你能将这些孩子们送到马克多尼亚。尤贝罗王子和尤米娜公主是古鲁尼亚王的孩子，拜托你将这些孩子带到马克多尼亚的温迪尔司祭那里。”
奥古玛：“我明白了……这二人我即使是拼了命也会保护好。”
罗伦斯：“是吗，对不起……好了，尤贝罗王子、尤米娜公主，你们就和奥古玛阁下一起逃走吧。”
尤米娜：“不！我不走！要走的话，罗伦斯你也要一起。”
罗伦斯：“尤米娜公主……虽然遗憾，但我是走不了的。这个受了伤的身体，已经连走路也很吃力了。所以，不用担心我的事，就你们二人逃走吧。”
尤米娜：“罗伦斯是为了保护我们而战的，你也是因此才受了这么重的伤，为什么你要我们留下你一个人逃掉呢！！我是绝对不会走的，我不要离开罗伦斯的身边！！”
奥古玛：“怎么办，将军？”
罗伦斯：“唔……头痛了，尤米娜公主是那种说了便不会反悔的人……”
奥古玛：“那么，我会尽我所能帮你的。我会找出朗古并且把那家伙杀掉……用我这把剑将那家伙埋葬。罗伦斯将军，你无论如何也要等到那时……不要死啊！！”
EVENT 罗伦斯自尽（马鲁斯与罗伦斯对话）
罗伦斯：“马鲁斯王子！原来是你吗……真是遗憾，要和阿利迪亚军……要和王子你战斗……”
马鲁斯：“请等一下，我并不打算和你战斗。我从村民们的口中知道了占领军的暴行后也非常吃惊，我会将这个事实告知哈丁皇帝，我答应你一定会拯救古鲁尼亚。所以，请你放下剑吧。”
罗伦斯：“王子……你的好意我也很清楚，但这是不可能的，王子你什么也不知道。你以为哈丁这种人会无缘无故任命朗古这种败类做司令官吗？他是想引我们叛乱，然后将古鲁尼亚王国完全灭亡以便成为帝国的领地。”
马鲁斯：“怎么会！？哈丁竟然会做这种事，令人难以置信。”
罗伦斯：“可能你一时之间不会相信，但他自从做了皇帝后整个人都变了，他已经不再是王子所认识的那个哈丁了。王子，我有最后一个请求，这城堡中隐藏了古鲁尼亚王家的王子和公主，希望你无论如何救救孩子们。如果你肯答应我的话，我便不会再有遗憾了。”
马鲁斯：“！？罗伦斯将军，你要做什么……！？”
罗伦斯：“马鲁斯王子……无论如何，就当以我的性命来交换，请照顾这些孩子……无论如何……拜托……”
马鲁斯：“罗伦斯将军！！……为什么……”
走访村庄 （玛莉西娅很困扰啊）
老婆婆：“啊……请你无论如何也放过这孩子吧，她只有10岁啊。”
马鲁斯：“老婆婆请你放心，我不是来抢那孩子的。”
老婆婆：“哎……你不是帝国的人吗？”
马鲁斯：“不……不是的，我们并非是为了战斗而来。如果有什么东西需要的话请告诉我，食物也能给你们留下一些。”
玛莉西娅：“等等……求求你，把我也带走吧……”
马鲁斯：“呃……你……真的只有10岁？”
玛莉西娅：“事实上已经成年了……只是因为不愿意被军队带走，所以老婆婆才说谎的。朗古的士兵全部都是些禽兽不如的人，但你不同，有非常温柔的眼睛。求求你将我从这个国家带走，希望能带到你的国家。”
老婆婆：“这位年轻人，我也请求你保护这女孩，如果你想的话，娶她作新娘也不成问题。这孩子就像原来的我一样是个美人，一定会成为好新娘的。”
玛莉西娅：“讨厌啊，老婆婆你真是的，还太早呢……玛莉西娅很困扰啊。”
走访民家
民家（罗伦斯和塔利斯王）：“罗伦斯将军年轻时似乎去过塔利斯岛。那时候塔利斯仍未统一，几个部落在互相征战，将军好象曾协助一名年轻的族长，帮他将全岛统一了。那时之后，将军和那位族长，也就是现在的塔利斯王似乎仍有继续来往。”
民家（混乱的世界）：“在这国家中已经再没有年轻少女剩下了。帝国的军队将她们全部带走了，特别是美女都被朗古将军一人独占了。这真是混乱的世界啊。”
民家（两名孩子）：“病死的古鲁尼亚王有两名孩子，叫尤米娜公主和尤贝罗王子，是还在13、4岁左右的孪生可爱孩子们。孩子们被害怕加尼夫的国王送到魔法王国卡丹，一直作为人质被困在黑暗的房间内。如果不是被温迪尔司祭所救，现在恐怕已经死了。所以司祭便将他们二人带到卡丹的修道院一直保护着他们。”
民家（如果卡缪将军……）：“在上次战争结束时，妮娜大人将这国家委任给罗伦斯将军，准许他自治。但是，哈丁成了皇帝后突然将罗伦斯将军免职，派来了朗古的部队。跟着朗古便从我们的手中夺去了一切，不光是钱，连食物、衣服乃至家人也……唉……如果卡缪将军还在的话，朗古这种人根本不足为惧。”
民家（朗古将军）：“罗伦斯将军从温迪尔司祭那里领得孩子们，想在古鲁尼亚养育他们。知道了这一点的皇帝命令要将二人交出，但害怕二人会被杀死的将军，将王子们隐藏了起来。跟着便是将军被免职，朗古司令官来了。朗古为了找寻王子们，做了很可怕的事，所以我们忍受不了而站了出来。不过，这也要结束了，这国家的人全部都要被朗古杀死了！”
民家（名叫亚兰的骑士）：“虽然只是稍为看过，但那位叫亚兰的圣骑士面色很差呢，那样的话我想即使再战下去也是很难成长……”
指挥官交战
罗伦斯（战斗）：“什么！？你们是……阿利迪亚军吗。阿利迪亚竟然也打算让我国的民众受苦吗……”
罗伦斯（死亡）：“原谅我，古鲁尼亚的民众啊…”
战后剧情
ED 古鲁尼亚之心
村民：“马鲁斯大人，罗伦斯大人将一切都托付给了您。您没有讨伐将军，反而愿意和将军交谈，我以一名古鲁尼亚人的身份感谢您。虽然只是微不足道的礼品，但是还请您接受。尤贝罗王子和尤米娜公主就在这边，请您保护他们吧……”
ED 尤米娜和尤贝罗
马鲁斯：“你们就是古鲁尼亚的……尤贝罗王子和尤米娜公主！？”
尤贝罗：“呜呜……罗伦斯……死了，我们应该怎么办才好呀。”
尤米娜：“畜生！！不要走过来呀！你再走近的话，我们会自杀！！”
马鲁斯：“你弄错了！我们是……”
朗古：“哦……马鲁斯王子，终于将反叛者们捉住了吗？”
马鲁斯：“朗古将军！请等一下，这些孩子是无罪的，可否交给我呢？”
朗古：“不行，俘虏要带到我的城堡去。另外，王子你必须前往马克多尼亚，在马克多尼亚有军队发起叛乱，米涅瓦公主似乎也被捉住了。”
马鲁斯：“什么……！马克多尼亚吗！！我知道了，朗古将军。不过，那些孩子们……请交给我处理吧，拜托你了。”
朗古：“太罗嗦了，王子！喂，你们过来这边！”
尤米娜：“不要，放手呀！！尤贝罗……救救我。”
尤贝罗：“尤米娜……尤米娜……”
马鲁斯：“等，等等！！朗古！放开那些孩子！”
克里斯：“马鲁斯大人，只要有您的命令，我一定会将孩子们救回来！”
杰刚：“王子，请冷静一下！！克里斯，你也冷静一点。如果现在在这里和朗古发生争执的话，我们也会被认作是对抗雅嘉尼亚的反叛者。”
马鲁斯：“不过，杰刚，将那些孩子交给朗古可以吗！这种事我……”
杰刚：“现在……总之现在请先忍耐吧！！去了马克多尼亚的话……如果能平安救出米涅瓦公主的话，相信马克多尼亚也会助我们一臂之力。”